Projeto Portugal 2020

Código de operação Código que identifica cada projeto efetuado com recurso a fundos europeus.

Data de conclusão

Sumário

Este projeto (COVID2123) está alinhado com a RIS3 Centro, nomeadamente com a plataforma das tecnologias para a qualidade de vida e com as linhas de ação : 1) desenvolvimento de sistemas inovadores que facilitem o diagnóstico precoce em saúde, 2) plataformas de integração de dados em saúde e 3) medicina de precisão. Neste contexto, o COVID2123 está organizado em 4 atividades complementares, que se descrevem abaixo. Atividade-1. Diminuição do tempo e do erro de processamento de amostras através da integração de dados laboratoriais. A plataforma gold standard de testagem de alta sensibilidade do coronavírus SARS-CoV-2, Real Time PCR System (RT-PCR), com amostras de zaragatoa nasofaríngea (AZN), do Instituto de Biomedicina de Aveiro (iBiMED), é manual, requer alta intensidade de trabalho e origina um elevado volume de dados. Por estas razões, o fluxo de trabalho é lento, suscetível à acumulação de erros e impacta negativamente no envio diário dos dados da testagem às instituições colaboradoras, nomeadamente aos hospitais e aos lares. Para resolvermos estes problemas tencionamos integrar todo o fluxo de informação num único sistema de informação laboratorial (LIMS) através da harmonização de dados. O nosso objetivo é desenvolver algoritmos novos que permitam ao LIMS existente, que desenvolvemos em parceria com uma empresa local de software (BMD software), registar e transferir dados entre a base de dados de registo das amostras e os diferentes equipamentos e robots laboratoriais, nomeadamente entre as bases de dados dos robots de extração de ácidos nucleicos (Chemagenic360, Perkin Elmer) e de preparação de placas de extração de ácidos nucleicos (Janus G3, Perkin Elmer) e os equipamentos de RT-PCR (Applied Biosystems 7500 Fast Real-Time PCR System). A implementação deste novo fluxo de trabalho envolverá também o reporte automático, pelo LIMS, dos resultados de diagnóstico na base de dados SINAVELAB dos Serviços Partilhados do Ministério da Saúde (SPMS), o treino dos técnicos do laboratório e a realização de testes para validação dos resultados de diagnóstico. Atividade-2. Implementação de um teste de RT-PCR de alta sensibilidade para saliva. A testagem com amostras de saliva está prevista no Plano de Promoção da Operacionalização da Estratégia de Testagem em Portugal_SARS-CoV-2 (PPOETP)1, publicado pelo governo no dia 19 de abril de 2021, e no recente relatório técnico do Centro Europeu de Prevenção e Controlo das Doenças (ECDC)2, publicado no dia 3 de maio de 2021. Contudo, a testagem AS RT-PCR requer otimização dos métodos de PCR e/ou novos kits de RT-PCR. O iBiMED desenvolveu um kit para testagem com saliva (SalivaPREAMP) cujos valores de sensibilidade e de especificidade são idênticos aos do teste gold standard AZN RT-PCR. O SalivaPREAMP é constituído por um kit de colheita de saliva e por um novo método de RT-PCR. Nesta atividade tencionamos 1) integrar o SalivaPREAMP no nosso fluxo de testagem e 2) validar o novo método de RT-PCR com kits comerciais para tornar o SalivaPREAMP numa plataforma genérica de rastreamento de SARS-CoV-2, nos contextos previstos no PPOETP1. Na fase pós-vacinação da COVID-19 é relevante ter acesso a métodos simples de testagem em larga escala e de muito baixo custo para avaliar tendências comunitárias de infeção/re-infeção por variantes do SARS-COV-2 em circulação. Para este efeito, o ECDC recomenda a utilização da testagem de grupos de amostras (método de pooling)3 para determinar a prevalência comunitária das infeções em contextos de baixa positividade (<1%). Tal testagem serve de sentinela para a testagem de alta sensibilidade e para a decisão política. Neste sentido, avaliaremos a possibilidade do novo teste salivaPREAMP RT-PCR ser usado para testagem de pools de amostras de saliva, usando o valor de sensibilidade e de especificidade do SalivaPREAMP como referência para as pools. Se formos bem sucedidos, será possível escalar a nossa testagem de 500-600 testes de saliva para >2000 te